La segunda fase, de 1525 a 1555, suaviza, mediante indultos, la latente hostilidad entre ambas comunidades. Predicándole el Evangelio y procurando
que olviden sus costumbres, el piadoso cristiano intenta atraerse sin éxito al morisco.
Con la subida al trono de Felipe II, comienza la tercera fase: de 1555 a 1570. La Junta reunida en Madrid en 1566 anuncia que será reprimido en Granada cualquier indicio de simpatía islámica. No es nueva la existencia de un vinculo fraternal, entre moriscos berberiscos y turcos, pero es a mediados del siglo cuando los perspicaces observan que es quinta columna puede socavar los cimientos de su fe. No se desarma a los moriscos granadinos ni a los aragoneses y solo parcialmente a los valencianos; pero a los primeros se les amenaza con la pérdida de su identidad y de su principal fuente productiva, la seda. Se sublevan el 24 de diciembre de 1568 y al cabo de dos años de lucha sin cuartel, se decide erradicarlos y repartirlos por las restantes regiones de la Corona.
Tras este enfrentamiento ya no será posible recuperar esa confianza mutua que aún latía en 1560. Los moriscos viven en continua inquietud dando crédito a los más osados bulos, y los cristianos, aunque crean resuelto el problema con la victoria de Lepanto en 1571, pronto se dan cuenta que la expulsión de los moriscos granadinos no ha cambiado la situación.
En esta cuarta fase, de 1579 a 1582, los protestantes se alían al trío de árabes hostiles a la fe católica. Se multiplican los incidentes entre cristianos y moriscos, la represión se reduce y una Junta reunida en Lisboa propone expulsarlos de España, acuerdo que el Consejo de Estado presenta el 19 de septiembre de 1582.
No se cumple la propuesta, pero ya formulada es un aviso que rondará intimidante en la última fase de las relaciones cristiano-moriscas, de 1582 a 1614. La Paz de Vervins (2-V-1598) con los franceses, la de 1604 con Inglaterra y la de 1609 con las Provincia Unidas, permite disponer de los suficientes hombres para abordar un amplio plan. El mismo día 4 de abril en que se firma la tregua con la Provincias Unidas, ordena Felipe II la expulsión de los moriscos; los valencianos embarcan el 30 de septiembre.
